Fakultas Sains dan Teknologi disingkat dengan FST UIN Sumatera Utara berdiri pada tahun 2015, tepatnya pada hari Selasa tanggal 29 Desember 2015 diresmikanlah Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sumatera Utara Medan oleh Direktur Perguruan Tinggi Agama Islam Kementerian Agama RI bersama Rektor UIN Sumatera Utara (Alm) Prof.Dr.H. Nur A. Fadhil Lubis, MA dan Dewan Penyantun UIN Sumatera Utara Musa Rajeksyah bertempat di Aula UIN SU Kampus Pancing Medan.

Diawal perkembangannya dengan Dekan Pertama Fakultas Sains dan Teknologi adalah Bapak Prof. Dr. H. Al Rasyidin, M.Ag. telah  memiliki lima jurusan/program Studi sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 273C/P/2014  tertanggal  9 Oktober 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Universitas Islam Negeri Sumatera Utara Medan, yaitu Ilmu Komputer, Sistem Informasi, Matematika, Biologi dan Fisika. Sebagai ketua Jurusan/Program Studi Fisika yang pertama adalah Bapak Dr. Abdul Halim Daulay, S.T., M.Si dan Bapak Muhammad Nuh, S.Pd., M.Pd sebagai sekretaris Jurusan/Program Studi Fisika.

Fakultas Sains dan Teknologi pada awal berdirinya beroperasi di gedung perpustakaan kampus 2 pancing selama lebih kurang 1 tahun. Penerimaan mahasiswa baru untuk kelima Jurusan/Program studi tersebut dibuka terhitung sejak TA.2015/2016. Sebagai fakultas termuda di UIN Sumatera Utara yang merupakan fakultas sebagai suatu ciri khas adanya UIN, sehingga Fakultas Sains dan Teknologi terus berbenah diri untuk melengkapi berbagai sarana dan prasarana pendukung kegiataan akademik dan kemahasiswaan.

Kemudian dipindahkan ke kampus 1 sutomo dan beroperasi selama lebih kurang 4 tahun, sebelum akhirnya pindah ke kampus IV Tuntungan yang saat ini ditempati.